BIO-INFO 44/2007, 21. desember 2007    BIO: sakslister og møtereferater            BIO-INFO arkiv

God jul!   Merry Christmas!

Siste nytt fra BIO   2

God jul! 2

Henrik Glenner ny professor i marin organismebiologi 2

Codium vermilara gjenfunnen i Tjongspollen i Bømlo. 2

Nye prosjekt til BIO.. 2

Bilder fra BIOs julefest 3

På fisketur i Smålungeren?. 3

EvoFish åpnet 3

23 BIO-disputaser i 2007. 3

Nye regler for skatteplikt i reiseregninger. 4

Siste nytt fra verden rundt oss  4

Bergen marine forskningsklynge lanseres 8. januar. 4

Olav Eldholm ble ridder. 4

Ledige stillinger, flere ved BIO! 4

Sarssenteret sikra vidare drift 5

Mi side tar juleferie. 5

HF innfører tidsbegrensing på master. 5

Mer forskning og utvikling i næringslivet 5

Flere karriereveier etter avlagt doktorgrad. 5

Update on Open Access. 6

Forskning: utlysninger, nye satsinger og prosjekter  6

ERC Advanced Investigator Grants. 6

Ukens bilde  6

Info fra studieseksjonen  6

Sensurfrist for høstens eksamener er 10. januar! 6

Masteropptaket og informasjonsmøte for de nye masterstudentene. 6

Studiebudsjett for 2008. 6

Studieseksjonen tar romjulsfri 7

Gjesteforelesninger, seminarer og kollokvier  7

Ernæringskonferansen 2008. 7

Dansk PhD-kurs i Aquatic Environmental Chemistry. 7

Nye artikler  7

Espen Strand: svømmeblærefunksjon under stort trykk. 7

Espen Strand: vertikalvandring hos voksen torsk. 7

Christofer Troedsson & Dag Aksnes: vekst av endostylen hos Oikopleura. 8

Morten Skage & Christoffer Schander: DNA fra formalinfiksert materiale. 8

Bjørn Roth & Albert Imsland: avliving og slaktekvalitet hos piggvar. 8

Bjørn Roth, Lars Stien, Ragnar Nortvedt & Albert Imsland: fillet-kvalitet i utblødd piggvar. 9

Aino Hosia: årstidsvariasjon i geleplankton i Korsfjorden og Fanafjorden. 9

John Birks & Hilary Birks: Winifred Tutin. 9

Arne Fjellheim: måling av tilbakevending av evertebrater via fiskemageanalyse. 9

Arne Fjellheim: ørret og forurensning i Lochnagar i Skottland. 10

Ivar Rønnestad, Tom Ole Nilsen, Ann-Elise Jordal & Yoko Kamisaka: torskens oligopeptid-trapnsporter PepT1  11

Bok-kapittel 11

Hans Tore Rapp: kjønnet formering hos svamper. 11

Siste nytt fra BIO

God jul!

Med ett var engelen omgitt av en himmelsk hærskare som lovpriste Gud og sang:

”Ære være Gud i det høyeste, og fred på jorden blant mennesker som Gud har glede i”

 

Det er fredag, og jula kommer like over helga. BIO-INFO gir som vanlig inntrykk av hektisk aktivitet rundt i alle laber og korridorer. Men nå er det på tide å slukke lyset for ei stund, og fylle hodet med annet innhold. Gjerne noe om fred på jord.

    Vi har hatt et år med stor aktivitet, deriblant 23 disputaser, 68 mastergrader og omtrent 200 publikasjoner (ny rekord?). Vi er ferdig med hoveddelen av ”omstillingen” som lå i etableringen av BIO for 4 år siden, men det er likevel endringer hele tiden. Alle vet jo at huset ikke er på plass. Nå i november og desember har vi fått nye arealer i mellombygget på Høyteknologisenteret, med tilhørende flytting av utviklingsbiologer, modellører og evofisker. Nå blir det ikke noen stor flytteprosess før til sommeren, men da er det nok behov for litt av hvert i forbindelse med ombyggingen i 3. etasje på Høyteknologisenteret.

    Til våren må vi dog i gang med en større oversikt over behovet for vitenskapelig utstyr til flyttingen i 2009. Heldigvis er dette nevnt med ei lita linje allerede i UiBs budsjett for 2008, slik at universitetsstyret vet at vi kommer til neste år. Dessuten skal vi følge opp medarbeidertilfredshetsundersøkelsen og undervisningsreformarbeidet til Schanders gruppe. Så det blir ikke bare forskning og undervisning i 2008, heller.

    Denne uka vedtok fakultetsstyret budsjettet for BIO og de andre instituttene. Det blir veldig stramt. Fakultetet mottok et rammekutt på 2,5 % fra universitetsstyret, og dette må såklart føre til strammere budsjett i 2008. Akkurat hvordan det slår ut har vi ikke klart å regne ut ennå, men det blir ingen åpent utlyste universitetsstipendiater med det første. Vi har fått 1,8 millioner til utstyr, og det skal komme godt med. Heldigvis har BIO fått mange nye forskningsprosjekt nå i desember. (Jeg vet om 21. Johan Lillehaug sier at BIO er det institutt som har forsynt seg sterkest fra FRIBIO i Norge i år!) Så det blir nok mye nytt også neste år – også mange stipendiatstillinger å søke på.

  Men nå er det jul. Jeg ønsker alle ei fredelig jul, såpass langt unna BIOs rytme og gjøremål at det etter hvert oppstår et ønske om at hverdagen skal komme tilbake igjen. For det gjør den. Vel møtt i 2008!

Hilsen Jarl Giske

 

Henrik Glenner ny professor i marin organismebiologi

Ved en inkurie kom dekanus til å foreslå for fakultetsstyret denne uka at Henrik Glenner skulle ansettes som professor i ”marin orgasmebiologi”. Heldigvis gikk det ikke slik, og han ble ansatt som professor i marin organismebiologi. Glenner planlegger å tiltre etter at han har gjort ferdig vårens undervisning ved Københavns universitet.

 

Codium vermilara gjenfunnen i Tjongspollen i Bømlo

Grønalgen Codium vermilara er ein sørleg art som er særs sjeldan i Noreg. Med unntak av ei uverifisert registrering i 1998, også den i Tjongspollen i Hordaland, blei siste kjente observasjon gjort i 1908. Kjersti Sjøtun har no rapportert nytt funn til Artsdatabanken. Les meir på Artsdatabanken.no

 

Nye prosjekt til BIO

Havet og kysten:

John Birks og Richard Telford (via UiO): Paleoecological reconstructions of marine soft-bottom Ecologic Status and in situ reference conditions

 

Norsk dypvannsprogram:

Hans Tore Rapp: SPONGRAM - Sponge Risk Assessment and Monitoring - A pilot study to investigate potential impact from sedimentation on deep water sponge communities.

 

EU/FP7:

Audrey Geffen og MENTOR: Calcification of Marine Organisms (CalMarO)

Thorolf Magnesen: SETTLE

 

Bilder fra BIOs julefest

Some pictures from BIO’s Julefest can be found at Felles\bilder-julebord2007

 

På fisketur i Smålungeren?

Algeoppblomstringen i Smålungeren har satt fart i debatten om hva som må til for å bedre vannkvaliteten, skriver Bergens Tidende. Nå har et avlsselskap tilbudt seg å sponse regnbueørret til vannet. Vannkvaliteten er imidlertid et problem. Her trekkes Petter Larsson inn:

- Professor i biologi og ferskvannsøkologi ved UiB, Petter Larsson, sier saltholdigheten i Lillelungeren ikke er høy, men høy nok til å skape lagdeling. Men hvor saltvannet kommer fra er uklart, siden kommunen mener demningen mot Store Lungegårdsvann er helt tett.
- Kommunen er ganske sikre på at det ikke kommer nytt saltvann inn gjennom rørsystemene. Derfor kan årsaken til saltinnholdet være at vi ikke har fått skiftet ut saltvannet i de dypeste lagene, eller at det siger inn vann gjennom de porøse massene i grunnen. Men tilførsel av ferskvann ovenfra vil presse ut saltvannet forholdsvis raskt, sier han.
Les alt i bt.no ..

 

EvoFish åpnet

Mandag denne uka ble forskningsgruppa EvoFish (Evolusjonær fiskeriøkologi) offisielt åpnet, med taler og blomster fra Bergen forskningsstiftelse, fakultetet og instituttet, og med spennende foredrag fra Mikko Heino og mange av de unge forskerne i gruppa. Dette taler godt for mye flott forskning de neste årene. Lykke til!

 

23 BIO-disputaser i 2007

Nilsen, Tom Ole, Molecular and endocrine aspects of hypo-osmoregulatory development in Atlantic salmon (Salmo salar L.)

Axelsen, Bjørn Erik, Akustiske egenskaper hos hestemakrell og andre arter i Benguelastrømmen

Bohne, Victoria J. Berdikova, Tilsetningsstoffet ethoxyquin i fôr til Atlantisk laks

Johnsen, Espen, Hvordan påvirker fiskens atferd bestandsovervåkningen?

Rahman, Howaida Faisal Abdel, Acacia tortilis trær i ørkenens kulturlandskap

Ommedal, Hege, Modellering av bakterievekst i oljereservoar

Mendes, Humberto Fonseca, Kartlegging av regnskogenes artsmangfold

Hovda, Maria B., Nytt syn på oppdrettsfiskens bakterier

Stenberg, Claus, Rekrutteringsprosesser hos grønlandsk blåkveite

Oyewo, Emmanuel Adeoye, Revisjon av to underslekter av fjærmygg (chironomider)

Jolly, Cécile, Nytt cellekultursystem for å påvise miljøgifter

Nordgreen, Andreas, Hvorfor er torskelarver så kresen i matveien?

Fossen, Inge, Fiske på dypt vann og blå antimora

Hosia, Aino, Manetmangfold i norske fjorder

Nordvik, Kari, Frå ryggstreng til ryggrad

Johansson, David Anders, Miljøet påvirker laksens atferd i oppdrett

Dahle, Håkon, Livet i oljereservoarer

Løvdal, Trond Karsten, Konkurranse mellom marine mikroorganismer

Andersen, Gidske L., Eldgamle trær forsvinner fra ørkenens kulturlandskap

Kristiansen, Trond, Modellering av tidlig livshistorie hos torsk

Kvåle, Audil, Kvifor kan ikkje torske- og kveitelarver leve på tørrfôr?

Varpe, Øystein Heggernes, Livshistoriebiologi hos plankton, fisk og sjøfugl

Skaret, Georg, Sildegyting – hårfin balanse mellom livsfare og vidareføring av liv

 

Nye regler for skatteplikt i reiseregninger

Stortinget har i budsjettvedtak for 2008 endret reglene for beskatning av tjenestereiser. Med virkning fra 1. januar 2008 vil udokumentert nattillegg være skattepliktig og avgiftspliktig!

    Dersom det er en differanse i arbeidstakers favør mellom fremlagt hotellregning og den ulegitimerte satsen, skal denne differansen innberettes som lønn og det skal også svares arbeidsgiveravgift av beløpet. Der regningen er høyere enn den ulegitimerte satsen blir det ingen endring.

    Den ulegitimerte satsen på kr. 400 pr. døgn vil imidlertid fortsatt være skattefri, men den gjelder kun innenlands. Les mer her: http://www.sph.dep.no/templates/PersonalMelding.aspx?id=2743

Siste nytt fra verden rundt oss

Bergen marine forskningsklynge lanseres 8. januar

8. januar 2008 samles direktørene ved CMR, Fiskeriforskning/NOFIMA, HI, Helse Bergen, Nansensenteret, NIFES, Unifob og UiB for å signere protokollene for samarbeidet Bergen marine forskningsklynge. Se begynnende webside her med litt mer tekst om målsetning og innretning.

Olav Eldholm ble ridder

Professor og instituttleder Olav Eldholm har gjennom sin forskning og evne til å danne internasjonale forskernettverk bidratt mye til vår forståelse av hvordan jorden er bygget opp. Denne uken ble han utnevnt til Ridder av 1. klasse av Den Kongelige Norske St. Olavs Orden. Les mer På Høyden ..

 

Ledige stillinger, flere ved BIO!

Legg merke til at det er mange spennende stillinger biologer kan søke på ved UiB for tida! Sjekk oversikten på jobbnor!

Søknadsfrist

Stilling

28.12.07

Sars: Post Doctoral Researcher - Cnidarian neural development

31.12.07

BIO/fiskesykdommer: Stipendiat i biologi (FUGE)

31.12.07

BIO/fiskesykdommer: Stipendiat i biologi (FUGE)

31.12.07

BIO/marin mikrobiologi: Stipendiat i biologi

02.01.08

Fiskeriforskning: forsker, torskeavl

05.01.08

BIO/Fiskeri & havbruk: Avdelingsingeniør

12.01.08

BIO/EvoFish: Postdoktor i biologi

16.01.08

Akva Group: div stillinger (havbruk)

 

Job opportunity in Greenland in Marine Fisheries and Ecology modelling: Primary responsibilities will involve quantitative analysis and modelling of marine fisheries biology, including the development of models for the management of fisheries resources and development of methods for invertebrate and fish stock assessment. Experience with computer-based modelling is important as well as the ability to document and publish results. Some internal consulting work in the fields of model building and analysis, statistics and other applications of mathematics will also be expected. More information

 

Sarssenteret sikra vidare drift

BIO gratulerer Sars-senteret med sikra finansiering de næraste åra, og håper at den kan bli permanent. UiB strever etter å bli eit tydeleg forskingsuniversitet, og då er einingar som Sars-senteret gull verd. Så må vi som lever på utsida nytte oss av nærleiken og gjere oss til spanande samarbeidspartnarar.

    Ei svært positiv evaluering sikrar no Sarssenteret finansiering ut 2012. – Sannsynlegvis er det publikasjonane og originaliteten ved forskinga her på senteret komiteen har lagt vekt på i rapporten, seier forskingsdirektør Daniel Chourrout.
    I 2003 underteikna Sarssenteret ein avtale med Forskingsrådet og UiB om finansiering av verksemda ved senteret fram til 2012. Føresetnaden for finansiering ut heile perioden var imidlertid at Sarssenteret måtte få positiv tilbakemelding på ei midtvegs-evaluering. No ligg evalueringsrapporten ute, og Sarssenteret får svært gode skussmål frå komiteen som på oppdrag frå Forskingsrådet har gått verksemda i saumane. Den positive responsen sikrar Sarssenteret vidare finansiering frå Forskingsrådet, og som følge av dette også eit tilsvarande bidrag frå UiB.
Les meir På Høyden..

 

Mi side tar juleferie

NB: Mi side will only be manned during official working hours over the Christmas-New Years period. Please take this into account for assignment deadlines.

 

HF innfører tidsbegrensing på master

Tilbake til åpningssidenHF-fakultetet ønsker at fakultetets doktorgradsstipendiater i fremtiden må ha gjennomført master på normert tid. Tidsbegrensingen skal innføres fra årsskiftet 2008/2009, men bergensstudentene mener fakultetet har forhastet seg og vil ha saken behandlet på nytt. Les mer ..

 

Mer forskning og utvikling i næringslivet

Næringslivet brukte i overkant av 14,6 milliarder kroner på egenutført forskning og utvikling (FoU) i 2006 (foretak med minst 10 sysselsatte). Dette er en nominell økning på nesten 1 milliard kroner, eller 7,2 prosent, sammenlignet med 2005. Målt i faste priser er det en økning på 2,8 prosent. Les mer i SSB..

 

Doktorgrader i Norge 1970-2005Flere karriereveier etter avlagt doktorgrad

Universiteter, høgskoler og forskningsinstitutter er fortsatt viktigste arbeidsplass for de forskerutdannede, men mange finner også veiene til andre samfunnssektorer.

    Det årlige antallet doktorgrader avlagt ved norske universiteter og høgskoler har økt betydelig, fra under 100 tidlig på 1970-tallet til 400 i 1990 og vel 900 i 2006. Bare siden 1990 er det avlagt nærmere 11000 doktorgrader. Dette er mer enn to tredjedeler av alle doktorgrader i Norge gjennom alle tider. Innslaget av forskerutdannet personale i befolkningen er således høyere i dag enn noen gang tidligere og øker fra år til år.

    Blant doktorene i matematikk/naturvitenskap gjenfinner vi en fjerdepart både ved universitetene og i instituttsektoren. Vel 40 prosent har fått arbeid i andre samfunnssektorer. Det samme gjelder doktorer i det medisinske fagområdet og i landbruksvitenskap og veterinærmedisin. Les mer i SSB ..

 

NORAUpdate on Open Access

Interest in making research results more accessible is increasing. UiB’s Rune Nilsen is among those leading the movement. Read more: EU’s Discovery Project, forskning.no, NORA at UiB

Forskning: utlysninger, nye satsinger og prosjekter

ERC Advanced Investigator Grants

ERC Advanced Investigator Grants "Guide for Applicants" is now available

List of NFR FP7 contacts

NFR has decided to focus on three main areas in their 2009 budget. These are: (1) renewable energy, environmental technology and climate change - 300 million (2) advance scientific equipment and research infrastructure - 200 millioner (3) an open competition for industry-oriented applied research - 130 millioner Read more (in Norwegian)

NFR has updated its web pages making them easier to use and more user friendly. The complete overhaul includes a new search engine technology. Read more (in Norwegian)

Ukens bilde

Julehilsen fra Fiskeriøkologi og havbruk.

 

Forskningsgruppa Fiskeriøkologi og havbruk har hatt juleverksted!

Kamskjell er også ettertraktet vare til egenproduksjon av engler.  Opprinnelig ide fra Canada. Kamskjellet er ypperlig julemat. Skallet kan benyttes til servering av egne retter eller rett og slett sannsynligvis til garantert englekraft. Fritt til bruk etter ønske.

 

Hilsen Thorolf Magnesen

Ukens bilde: You are invited to submit photos (electronically!) for a “Ukens bilde”. Please include a very short description and credit information. Picture can be of researchers / students in action, technology, organisms, field sites … Please send your pictures to Ukensbildekomiteen c/o Elinor Bartle (preferable format jpg, gif; size around 300px sq; saved for web - under 60kb).

Info fra studieseksjonen

Sensurfrist for høstens eksamener er 10. januar!

Sensurfrist for alle skriftlig eksamener er 10. januar. Det er viktig at fristen overholdes da resultatene kan få avgjørende konsekvens blant annet for mastergradsopptaket og opptak til emner med begrensning. Protokoller leveres direkte til studieseksjonen, ikke send dem i internposten! (vi kan eventuelt hente).

 

Masteropptaket og informasjonsmøte for de nye masterstudentene

Den 10. januar arrangeres det informasjonsmøte for de nye masterstudentene. Vi vet ennå ikke hvor mange som blir tatt opp, høstens resultater vil avgjøre for mange av søkerne (NB! derfor er det viktig å holde sensurfristen!). Først 10. januar vil vi ha endelige tall for opptaket. I forbindelse med informasjonsmøte skal det også holdes orienteringsmøter i de ulike faggruppene, studieseksjonen tar kontakt og avtaler nærmere tidspunkt for disse møtene.

 

Studiebudsjett for 2008

Studiebudsjettet skal som tidligere år presenteres for hovedprogramstyret medio januar.  Studieseksjonen kommer til å forberede et forsalg til budsjett basert på fjorårets tall med litt justering for studenttall. For de av dere som har innspill til budsjettet på grunn av endrede forutsetninger, send melding til eli.hoie@bio.uib.no. Vi vil også i en del tilfeller ta direkte kontakt med emneansvarlig for spørsmål vedrørende budsjettet for enkeltemner. Forsalg til utstyr i forbindelse med emneundervisning skal ikke tas med i budsjett for det enkelte emne, men settes opp på egen liste. Eventuelle forslag, med begrunnelse, kan også sendes til studieseksjonen.

 

Studieseksjonen tar romjulsfri

Hele studieseksjonen tar fri i romjulen. Vi er på plass igjen 2. januar!

God jul!       Berit, Nicolai, Tommy, Borghild, Anne Birgit, Eli

Gjesteforelesninger, seminarer og kollokvier

Ernæringskonferansen 2008

Programstyret for ernæring ved Universitetet i Bergen inviterer til Ernæringskonferansen 2008 den 30. januar. Invitasjonen finner du ved å klikke på lenken: http://www.creato.no/uib. 

Påmledingsfrist 21. januar.

 

Dansk PhD-kurs i Aquatic Environmental Chemistry

In the course we study

1. Insight into the inorganic and organic chemical processes of aquatic systems

2. Knowledge about how environmental problems related to aquatic systems can be quantified

3. Detailed knowledge about the methods available for predicting the fate of chemical substances

4. Basic understanding of the formation and chemical composition of main types of aquatic systems.

Deadline for enrolment: 31. January 2008

 

Climate driving of marine ecosystem changes.

Training for young marine scientists 21-24 April 2008, Brest, France !!

Deadline for abstract submission: January 15, 2008 !!

We would like to remind you that IMBER, GLOBEC, EUR-OCEANS and CLIVAR are organising a training on "Climate driving of marine ecosystems changes: Training for young marine scientists" which will be held on April 21-24 2008 at the European Institute for Marine Studies (IUEM) in Brest, France. Read more.

Nye artikler

Espen Strand: svømmeblærefunksjon under stort trykk

van der Kooij J, Righton D, Strand E, Michalsen K, Thorsteinsson V, Svedang H, Neat FC, Neuenfeldt S 2007. Life under pressure: insights from electronic data-storage tags into cod swimbladder function. ICES J. mar. Sci. 64: 1293-1301

Abstract: The behavioural response of cod (Godus morhua) to sudden pressure reductions was investigated in a large electronic-tagging experiment using data collected from 141 cod tagged in five different areas of the Northeast Atlantic. More than 40% of cod exhibited a characteristic equilibration behaviour after a rapid pressure reduction caused either by capture before tagging, or by pressure reduction during a rapid ascent from the seabed, or when migrating to deeper water. The equilibration allowed the cod to regain demersal residence. The rate of descent averaged 10 m d(-1) (ranging from 2 to 23 m d(-1)) over periods of less than a day to 1 month. Descent rates for cod on the Icelandic shelf were inversely related to fish length, i.e. smaller fish descended more rapidly, findings consistent with results achieved in the past under laboratory conditions. Modelling of swimbladder volume during equilibration suggested that cod were negatively buoyant for most of the time. The results imply that swimbladder functionality is retained after the probable barotrauma that would follow a large and rapid ascent, and that rates of gas exchange into the swimbladder may be naturally variable. These findings have implications for assumptions on discard mortality, the interpretation of cod behaviour, and its impact on biomass estimates obtained from acoustic surveys.

 

Espen Strand: vertikalvandring hos voksen torsk

Strand E. and Huse G. 2007. Vertical migration in adult Atlantic cod (Gadus morhua). Can. J. Fish. Aquat. Sci. 64: 1747–1760

Abstract: We investigate the trade-offs associated with vertical migration and swimming speed of Atlantic cod (Gadus morhua) using an adaptive individual-based model. Simulations with varying distribution and occurrence of prey, with and without swimbladder constraints, and visual predation were performed. Most simulations resulted in cod migrations between the bottom and pelagic zones. In simulations with high probability of encountering pelagic prey, the cod spent the daytime in the pelagic zone, moving to the bottom to feed only when no pelagic prey were encountered. At night the cod stayed in the pelagic zone to attain neutral buoyancy. In simulations with low occurrence of pelagic prey or high visual predation pressure, the cod remained at the bottom feeding on the consistently present benthic prey. If the pelagic prey occurred far above the sea floor or there were no benthic prey, the cod abandoned all bottom contact. The study thus predicts that the probability of encountering energy-rich pelagic prey is the key factor in driving vertical migration in adult cod. Buoyancy regulation is further shown to be an important constraint on vertical migration.

 

Christofer Troedsson & Dag Aksnes: vekst av endostylen hos Oikopleura

Troedsson C, P Ganot, JM Bouquet, DL Aksnes & EM Thompson 2007. Endostyle cell recruitment as a frame of reference for development and growth in the urochordate Oikopleura dioica. Biological Bulletin 213:325-334

Abstract: In models of growth and life history, and in molecular and cell biology, there is a need for more accurate frames of reference to characterize developmental progression. In Caenorhabditis elegans, complete fate maps of cell lineage provide such a standard of reference. To be more widely applicable, reference frames should be easier to measure while still providing strong predictive capacity. Towards this aim, we have analyzed growth of the endostyle in the appendicularian Oikopleura dioica at the cellular level, and measured its response to temperature and food availability. Specifically, we test the hypothesis that age of a specific developmental stage in O. dioica can be predicted from the number of endostyle cells and temperature. We show that the endostyle grows by recruiting cells from the posterior tip into the lateral arms of the organ in an anterior-posterior orientation and that the rate of increase in lateral arm endostyle cells is temperature-dependent but unresponsive to nutritional intake. Endostyle cells therefore serve as an accurate and easily measured marker to describe developmental progression. Conceptually, such a method of characterizing developmental progression should help bridge life-history events and molecular mechanisms throughout organismal aging, facilitating cross-disciplinary understanding by providing a common experimental framework.

 

Morten Skage & Christoffer Schander: DNA fra formalinfiksert materiale

Skage M & C Schander 2007. DNA from formalin-fixed tissue: extraction or repair? That is the question. Marine Biology Research 3: 289 – 295

Abstract Establishing effective DNA-based protocols for use on archival material fixed in formaldehyde (formalin) is a particularly challenging task. Formalin fixation induces cross-linking with nucleic acids and proteins, thereby reducing the amount and quality of the extracted DNA. Previous attempts have primarily focused on optimizing DNA extraction protocols. Here we focus on the use of enzymes capable of in vitro repair of DNA extracts prior to amplification of the nucleic acids by the polymerase chain reaction (PCR). The amplification success of mitochondrial DNA was greater using the repair enzyme assay (56%) than with the regular PCR assay (20%), and even more convincing results were obtained with the amplified nuclear ribosomal region (91% versus 21%). These results indicate that in vitro repair of DNA damage (depurinated sites, strand nicks and base modifications) increases the number of samples that amplify, amplify to a greater extent and amplify fewer ancillary bands and that DNA repair has been overlooked as a way of improving the efficiency of molecular methods used on formalin-fixed samples. Fidelity has not been specifically investigated, but preliminary results indicate that misincorporation is not a major problem.

 

Bjørn Roth & Albert Imsland: avliving og slaktekvalitet hos piggvar

Roth, B., Imsland A.K., Gunnarsson, S., Foss, A., and Schelvis, R. 2007. Slaughter quality and rigor contraction in farmed turbot (Scophthalmus maximus); a comparison between different stunning methods. Aquaculture 272: 754-761.

To evaluate the importance of different stunning and killing methods on the flesh quality of farmed turbot (Scophthalmus maximus), a total of 80 market sized fish were taken from their holding tanks at Silfurstjarnan, Iceland and slaughtered in 4 different ways. Groups of 20 fish were: 1) killed directly by a percussive blow to the head and stored untreated on ice; 2) electrically stimulated with 5 Hz pulsed direct current (pDC); 3) electrically stimulated with 80 Hz pDC; or 4) exsanguinated live into bins of ice slurry for 1 h. All fish were stored in polystyrene boxes with ice. Muscle pH, rigor mortis, texture hardness and shear force were measured over a 7 day time span. Results show that live exsanguinated and electrically stimulated fish exhibited a rapid pH decline and earlier onset and resolution of rigor mortis as compared to percussive killed fish. After 7 days of storage no significant differences could be detected in texture attributes measured as shear force or hardness between any groups of fish and fillet gaping was not present. Furthermore, turbot exposed to electricity display no form of injuries or texture deterioration with absence of spinal injuries or hematomas. We conclude that percussive stunning is optimal choice for meat quality, but electric stunning using prolonged electric exposure is also very promising as no negative effects on injuries and texture were observed. Before results from this study are implemented for practical purposes, further investigations are necessary to validate the results over the whole shelf-life time of the turbot, in particular with regard to the effects of the treatment on fillet texture.

 

Bjørn Roth, Lars Stien, Ragnar Nortvedt & Albert Imsland: fillet-kvalitet i utblødd piggvar

Roth, B., Schelvis, R., Stien L.H., Foss, A., Nortvedt, R. and Imsland, A.K. 2007. Exsanguination of turbot and the effect on fillet quality measured mechanically, sensory and with computer vision. Journal of Food Science 72, 525-531.

In order to investigate the impact of blood residues on the end quality of exsanguinated and unbled farmed turbot (Scophthalmus maximus), meat quality was evaluated using mechanical, sensory, and computer imaging techniques. The results show that exsanguination is important for improving the visual appearance, and the blood residue could be quantified using a computer imaging system. After 6 d of storage, mechanical analysis using puncture test or shear force showed no difference between exsanguinated and unbled fish. The trained taste panel was unable to detect any differences between exsanguinated and unbled fish after 6 and 14 d of storage. We conclude that over a 2-wk period the blood residue in turbot meat does not affect texture or sensory quality, but does affect the visual appearance.

 

Aino Hosia: årstidsvariasjon i geleplankton i Korsfjorden og Fanafjorden

Hosia A & U Båmstedt 2007. Seasonal changes in the gelatinous zooplankton community and hydromedusa abundances in Korsfjord and Fanafjord, western Norway. MEPS 351: 113-127

Abstact:  Quantitative seasonal studies on gelatinous zooplankton in Norwegian fjords are scarce. We recorded the quantitative composition of the gelatinous zooplankton community in Korsfjord and Fanafjord during 1 yr. Thirty-six species or genera of hydromedusae, 7 species of siphonophores, 4 species of ctenophores and 2 species of scyphomedusae were recorded. Aglantha digitale was numerically dominant in both fjords. A separate video-profiling study on the vertical distribution of fully grown specimens of this species was made in Korsfjord and the adjacent Bjørnafjord. Our data suggest 2 A. digitale generations yr–1, with relatively low importance of the latter generation. The overwintering strategy includes autumn growth to full size and distribution at intermediate depth, mainly between 200 and 300 m. Siphonophores were prominent in the more oceanic Korsfjord, while Fanafjord was characterized by meroplanktonic hydromedusae. More species were recorded from Korsfjord, which may be partly attributed to the larger volume sampled and the higher probability of encountering oceanic visitors in this fjord. Korsfjord also harbored a community of deep-water hydromedusae absent from Fanafjord. The gelatinous community of both fjords was most numerous and species-rich from April to June. Spring maximum densities were higher in Fanafjord. During winter, gelatinous zooplankton was more abundant in Korsfjord, with eudoxids of Dimophyes arctica and Lensia conoidea forming the bulk of the community. Hydromedusa species appeared sequentially and differed in terms of maximum abundance attained and length of their presence in the plankton. Multivariate analyses revealed a clear seasonal succession for the gelatinous community of both fjords.

 

John Birks & Hilary Birks: Winifred Tutin

Birks HJB & HH Birks 2007. Winifred Tutin (1915–2007). J Paleolimnol 38:601–605

Abstact: The death of the British pollen analyst and palaeolimnologist Winifred Tutin (née Pennington) has deprived palaeolimnology of one of its outstanding pioneers.

 

Arne Fjellheim: måling av tilbakevending av evertebrater via fiskemageanalyse

Fjellheim, A., Tysse, Å. and Bjerknes, V.  2007. Fish stomachs as a biomonitoring tool in studies of invertebrate recovery. – In: Brimblecombe, P, Hara, H., Houle, M. and Novak, M. (Eds.) Acid Rain – Deposition to Recovery. Water Air & Soil Pollution Focus 7: 293-300.

Abstract. High mortality rates due to predation from fish may reduce densities of attractive food animals. Predation may also depress the rate of recovery from environmental stress. With basis in an alpine ecosystem damaged by acidification, we compared three different techniques of monitoring the recovery of two large species of crustaceans, the amphipod Gammarus lacustris and the notostrachan Lepidurus arcticus. The methods used were: 1: Benthic littoral kick samples, 2: Artificial substrate, 3: Examination of brown trout stomachs. The monitoring took place in two limed lakes at the Hardangervidda mountain plateau in Central Norway, L. Svartavatn and L. Svartavasstjørni. Brown trout, Salmo trutta, is the only fish species in the lakes. Liming as a water quality improvement measure was started in 1994. All stomach samples were negative during the period 1987 to 1998.  In 1999, the first records of both Gammarus and Lepidurus were done in trout stomachs collected from Lake Svartavatnet. In Lake Svartavasstjørni, Lepidurus and Gammarus reappeared in fish stomachs in 2001 and 2002, respectively. During the period of monitoring, no records of these crustaceans were done in benthic samples and on artificial substrate. In an unacidified reference site, Lake Skiftesjøen, both benthic samples and the jute bags indicated a dense population of Gammarus. Our results strongly indicate that studies of fish stomachs are the best method for monitoring low density populations of attractive fish food animals.

 

Arne Fjellheim: ørret og forurensning i Lochnagar i Skottland

Rosseland, B.O., Rognerud, S., Collen, P., Grimalt, J., Vives, I., Massabuau, J.-C., Hofer, R., Lackner, R., Fjellheim, A., Harriman, R. & Pina, B. 2007. Brown trout in Lochngar. Population and contamination by metals and organic micropollutants. - In: Rose, N. (ed.). Lochnagar: The Natural History of a Mountain Lake. - Developments in Paleoenvironmental Research (DPER) 12: 253-285.

Abstract. Electrofishing data show that the population of brown trout in the Lochnagar outflow stream has gone through years of marginal water quality and/or physically challenging conditions. Several years with trout year classes absent normally is an indicator of stress. Data trom 18 brown trout caught by fly fishing in July 2001 form the main basis for characterising the fish population in Lochnagar. From otolith age interpretation, it seems that stagnation in growth took place after an age of five years. The condition factor (CF) also indicates that the surplus energy for growth was lacking in older fish, as CF fell at the same age as growth ceased. This indicates either a high density (stunted) population, or a population stressed by marginal water quality. An increased metabolism, due to compensatory mechanisms to maintain a normal ion regulation or enforced detoxification activities, can reduce the surplus energy normally used for storage of energy (high CF) and growth. Post-spawners are more sensitive to acid waters than younger stages. As the brown trout in Lochnagar start to spawn at three years of age, this might add to the cost of survival for the older fish in the population. Typically, some fish were not spawning every year. The brown trout showed a normal range of stomach filling at the time of catch (trom empty to full). The food reflected the isotope analyses (δ15N and δ13C), namely that none had sign of fish debris in the stomach, and that the invertebrates mostly represented herbivorous or soft bottom groups which can also inhabit the deeper part of the lake. Based on blood samples, the plasma concentrations of the major osmotic ions Na+ and Cl- were within the lower normal range for brown trout, indicating a successful osmoregulation at the time of sampling. However, the ionic composition of the Lochnagar water is not as extreme as other high mountain lakes and this has helped the brown trout in Lochnagar to maintain their osmotic homeostasis. The metal accumulation on the gills, however, indicates that especially Al, Pb and Cd are high in Lochnagar, compared to other lakes studied. None of these metals, inc1uding Cr, Cu, Ni, Mn, Zn, Fe, As and Se, bioaccumulated on the gills as a function of age. The specific leve! of Al on the gills was 20 – 30 times higher than background leve! for non-acidified lakes, but the amount was still within a level where brown trout could regulate their ion balance. For comparison, Atlantic salmon would have suffered ion-regulatory problems with the same amount of Al on their gills. Analyses of the kidney showed c1ear bioaccumulation with size (length) and age of all metals analysed: Pb, Cd, As and Se. Compared to the levels in other EMERGE lakes, Lochnagar had the highest level of Pb and Cd, and the second highest of selenium. Selenium, however, acts as a protective metal by binding and detoxifying Hg and other toxic metals in fish. The high Se concentration in kidney from brown traut in Lochnagar could be caused by this. Mercury is the only heavy metal that has both bioaccumulation and biomagnification  properties. The brown trout population in Lochnagar is nonpiscivorous but bad the highest bioaccumulation rate of all non-piscivorous fish in the studied mountain lakes. Although only one of the oldest brown trout exceeded 0.2 µgHg g-l musc1e (ww), old fish in Lochnagar will have a contamination level of Hg approaching the dietary advice level given by WHO and US EPA. The high Hg accumulation probably reflects a high Hg load to the loch. Persistent organic pollutants (POPs) were in low levels when compared to other alpine lakes in agreement with the low altitude and relatively high annual average temperature. However, the concentration of polybrominated diphenyl ethers (PBDE) in Lochnagar were the highest of all EMERGE lakes. The distinct high concentrations of these compounds in fish from Lochnagar reflect inputs from unknown pollution sources. Histological examination of liver tissue of the brown trout in Lochnagar revealed clear signs of toxic effects. Lochnagar fish livers had the highest frequency of melanomacrophages mm-2 when compared to brown trout populations in other mountain lakes. Since no standard test fishing with a series of gillnets in autumn has ever been performed in Lochnagar, we are unable to characterise the population structure and year-c1ass strength. The data presented here on the level of pollution load and subsequent effects on the fish, however, are reliable and robust. These findings confirm that the pollution load of heavy metals and POPs to the brown trout in Lochnagar exceed critical levels for effects i.e., in liver tissue. To be able to study whether the pollution loads have affected the population structure and critical parameters for sustainable production, a standard test fishing with a gillnet series following international protocols is highly recommended for Lochnagar.

 

Ivar Rønnestad, Tom Ole Nilsen, Ann-Elise Jordal & Yoko Kamisaka: torskens oligopeptid-trapnsporter PepT1

Rønnestad I, Gavaia PJ, Viegas CSB, Verri T, Romano A, Nilsen TO, Jordal AEO, Kamisaka Y, Cancela ML  2007. Oligopeptide transporter PepT1 in Atlantic cod (Gadus morhua L.): cloning, tissue expression and comparative aspects. JOURNAL OF EXPERIMENTAL BIOLOGY 210: 3883-3896

Abstract: A novel full-length cDNA that encodes for the Atlantic cod (Gadus morhua L.) PepT1-type oligopeptide transporter has been cloned. This cDNA (named codPepT1) was 2838 bp long, with an open reading frame of 2190 bp encoding a putative protein of 729 amino acids. Comparison of the predicted Atlantic cod PepT1 protein with zebrafish, bird and mammalian orthologs allowed detection of many structural features that are highly conserved among all the vertebrate proteins analysed, including (1) a larger than expected area of hydrophobic amino acids in close proximity to the N terminus; (2) a single highly conserved cAMP/cGMP-dependent protein kinase phosphorylation motif; (3) a large N-glycosylation-rich region within the large extracellular loop; and (4) a conserved and previously undescribed stretch of 8-12 amino acid residues within the large extracellular loop. Expression analysis at the mRNA level indicated that Atlantic cod PepT1 is mainly expressed at intestinal level, but that it is also present in kidney and spleen. Analysis of its regional distribution along the intestinal tract of the fish revealed that PepT1 is ubiquitously expressed in all segments beyond the stomach, including the pyloric caeca, and through the whole midgut. Only in the last segment, which included the hindgut, was there a lower expression. Atlantic cod PepT1, the second teleost fish PepT1-type transporter documented to date, will contribute to the elucidation of the evolutionary and functional relationships among vertebrate peptide transporters. Moreover, it can represent a useful tool for the study of gut functional regionalization, as well as a marker for the analysis of temporal and spatial expression during ontogeny.

 

Bok-kapittel

Hans Tore Rapp: kjønnet formering hos svamper

Spetland F, Rapp HT, Hoffmann F, Tendal OS. 2007. Sexual reproduction of Geodia barretti Bowerbank, 1858 (Porifera, Astrophorida) in two Scandinavian fjords. Pp 613-620 in: Custódio MR, Lôbo-Hajdu G, Hajdu E, Muricy G (eds) Porifera Research: Biodiversity, Innovation and Sustainability. Série Livros 28. Museu Nacional, Rio de Janeiro.

Abstract: The gametogenesis in the common cold-water sponge Geodia barretti is described from two Scandinavian fjords through a year cycle: in Korsfjorden, western Norway, and in Kosterfjorden on the Swedish west-coast. The reproductive cycle is annual for both populations, with one or two periods of gamete release per year. Individuals within the same local population reproduce simultaneously within a restricted period of time. Geodia barretti is a dioecious and oviparous sponge, with oocytes (up to 100 µm in diameter) and spermatic cysts (up to 125 µm in diameter) organised in clusters within the mesohyl. The sponge has asynchronous spermatogenesis and synchronous oogenesis. Asexual reproduction has not been observed. The onset of the reproduction coincides with the phytoplankton blooms in both fjords: Gametes are released in early summer, just after the phytoplankton spring bloom is over. In Kosterfjorden, however, an additional release of gametes occurs in October, just after the autumn phytoplankton bloom. In both fjord systems reproduction of G. barretti thus matches the peaks in sedimentation of organic matter that follow after phytoplankton blooms.